La Commission (CNE2) est composée de douze membres nommés pour six ans pour un mandat renouvelable une fois et d’experts invités. Les membres sont choisis sur propositions de l’Académie des sciences, de l’Académie des sciences morales et politiques et de l’Office parlementaire des choix scientifiques et technologiques. La composition de la Commission est renouvelée par moitié tous les trois ans. Son Président est élu par les membres de celle-ci lors de chaque renouvellement triennal. François Storrer a été désigné Secrétaire général et conseiller scientifique de la CNE2 en février 2019.
Installée en 2007 par décret (cf. décret du 5 avril 2007), elle a ensuite été renouvelée quatre fois (par moitié) par décrets en date du 20 juillet 2010, 4 décembre 2013, 28 Octobre 2016, et 14 février 2020.